بعد التوقيع علي اتفاقية السلام الشامل في " نيفاشا" بين المؤتمر الوطني الذي يحكم و الحركة الشعبية التي كانت تقاتل السلطة قال السيد نائب رئيس الجمهورية لرئيسه أن توقيع الاتفاقية سوف يكسب السودان صدقات العالم و بالتحديد الولايات المتحدة التي كانت راعية للمحادثات و قال أنه تلقي تأكيدات من مبعوث الرئيس الأمريكي أن السودان سوف يرفع أسمه من قائمة الدول الراعية للإرهاب و رفع كل العقوبات الاقتصادية و أن الولايات المتحدة سوف تتولي معالجة علاقات السودان مع العالم الخارجي و تعمل علي إعفاء ديون السودان و تشجيع رؤوس الأموال في كل من الولايات المتحدة و الدول الغربية لكي تستثمر في السودان كما تشجع حلفائها في الخليج لعطاء السودان الأولوية في مجالات الاستثمار إلي جانب أن الولايات المتحدة سوف تقنع المؤسسات المالية العالمية " البنك الدولي – صندوق النقد الدولي – نادي باريس و غيرها" أن تعيد علاقاتها الطبيعية مع السودان بضمانات أمريكية و قال طه لرئيسه أن الإنقاذ قد كتب لها عمر جديد و لكن بشكل وردي سوف تظل فيه علي سدة الحكم قرنا كاملا دون منازع بعد ما تشبع الإنقاذ بطون المواطنين.
كان الرئيس البشير فرحا بهذه الأخبار و أعطي نائبه الضوء الأخضر لكي يفعل ما يراه مناسبا من أجل تحقيق الحلم الأمريكي في ذات الوقت كانت العلاقة عامرة جدا بين الدكتور نافع علي نافع و الفريق صلاح عبد الله قوش و عبد الرحيم محمد حسين و كان هذا الخط رافضا تماما حديث السيد نائب الرئيس باعتبار أن الطريق الذي يسير فيه طه طريق سوف يفقد السلطة أية قدر تكتيكية إذا حدث أية نوع من المراوغة و كان رأيهم أن لا تعطي الحركة الشعبية حق تقرير المصير و لا أية ترتيبات أمنية في مناطق تمثل لها حماية أمنية في كل من النيل الأزرق و جنوب كردفان و لكن السيد النائب استطاع أن يأتي بالسيد مبعوث الرئيس الأمريكي في جلسة ثلاثة مع الرئيس البشير لكي يسمع منه أن أمريكا سوف تغير فقط من سياساتها تجاه السودان و بالتالي أهمل الرئيس التقارير الأمنية التي كانت تأتي له.
كان النائب الأول قد أكد للرئيس البشير أن قيادات الحركة عندما تأتي للسلطة و تتمرغ في نعيمها و تدفع لهم المبالغ الكبيرة سوف ينسون شعاراتهم السابقة و تصبح شعارات المؤتمر الوطني هي شعارات الجميع و سوف يتم تحالف استراتيجي بين الحركة و المؤتمر الوطني و استمر الحال و نائب الرئيس يسيطر علي عقل الرئيس حتى بعد موت الدكتور جون قرنق حيث بدأت الحركة تغير من إستراتيجيتها بعد وصول سلفاكير لرئاسة الحركة و هو رجل لا يدري كثيرا بشؤون السياسية و لم توف الولايات المتحدة بوعودها هنا استطاع الدكتور نافع يدخل علي خط الرئيس و بدأ ينتقد له سياسة نائبه الذي كان يعد نفسه لوراثته في محاولة لإحياء الحركة الإسلامية لكي تسيطر علي التنظيم السياسي و تعزل الرئيس جماهيريا و بالتالي يتم حصاره مع تحالف يتم داخل الجيش و جهاز الأمن و المخابرات لذلك يجب معالجة الأمر بسرعة و قال الدكتور نافع يجب علينا أن تتم السيطرة علي القطاعات الجماهيرية بإبعاد القيادات الإسلامية المعروفة عنها و إعادة عبد الرحيم محمد حسين لوزارة الدفاع و إطلاق يد الرفيق صلاح قوش في جهاز الأمن و المخابرات.
كان الجميع علي دراية كاملة أن الرئيس البشير رجل انفعالي لا يحكم العقل و خبرته السياسية ضعيفة و هو رجل رغم أنه عسكري و لكنه ضعيف في فهمه للعمل الإستراتيجي و هو يعتمد علي فهم الأشياء علي تحليلات الآخرين و كان يتخوف أن يفقد السيطرة علي زمام الأمر و كان أيضا يتخوف من الإسلاميين في السلطة أن يغدروا به في أية لحظة لذلك كان حديث الدكتور نافع له صدي كبير عند الرئيس و أعلن عن اجتماع للهيئة القيادية للحزب تم فيها إبعاد علي عثمان من مسؤوليات الحزب و وضع نافع نائبا للرئيس لشؤون الحزب و إطلاق يده في الحزب لكي يبعد كل مجموعات الإسلاميين ثم تم تعين عبد الرحيم محمد حسين في وزارة الدفاع و بدأ الثلاثي يعمل في تناغم من أجل إحكام السيطرة الكاملة علي الحزب و علي الدولة.
شعر السيد علي عثمان طه أنه بدأ يخسر موقعه داخل السلطة و الحزب و أن الدكتور نافع بدأ نفوذه يقوي و يقرر وحده في كل الشئون و أن الرئيس لا يسمع إلا من الدكتور نافع لذلك قرر الرئيس تعيين الدكتور نافع كمساعد له في رئاسة الجمهورية لكي يعطيه الحق في حضور اجتماعات مجلس الوزراء لمراقبة طه في غياب الرئيس البشير في هذه الفترة بدأ السيد طه يستنفر بعض عضوية الحركة الإسلامية لكي تتم مواجهة نافع و إبعاده من موقعه لذلك تم الاتصال بالفريق قوش من خلال بعض عضوية الحركة الإسلامية في الجهاز و تم لقاء بين قوش و علي عثمان و توصل الاثنان أن الدكتور نافع يلعب لعبة خطرة جدا في السيطرة علي كل المؤسسات و علي أن تكون تحت أمرته و تصرفه الخاص و معروف أن الدكتور نافع هو الذي أبعد عوض الجاز من وزارة النفط و ابعد الدكتور الزبير البشير من وزارة الداخلية ثم أقنع الرئيس أن يضع في كل وزارة وزير دولة من ضباط جهاز المخابرات الذين كانوا علي ولاء تام للدكتور نافع عندما كان الدكتور نافع رئيسا لجهاز الأمن و المخابرات و رغم هؤلاء كانوا في الحركة الإسلامية و لكن من خلال السلطة أتضح أنهم يميلون للسلطة دون الحركة الإسلامية و قلوبهم مع المنافع و ليس الرسالة فكان تعينهم وزراء دولة لكي تتم السيطرة الكاملة علي السلطة التنفيذية و يجب أن لا تكون هناك شخصيات كانت قيادية في الحركة الإسلامية في الجهاز التنفيذي و لكن لا يتم إبعادهم بالكامل و الاحتفاظ بهم في مواقع بعيدا عن الالتصاق مع الجماهير حتى لا يخسروا ما تبقي من الحركة الإسلامية هنا بدأ نافع يصطدم بالفريق صلاح قوش في الوقت الذي أصبح التنسيق بين قوش و طه يأخذ بعده وسط السلطة و كان الدكتور نافع يرصد تحركات الفريق قوش و يبلغها أول بأول للرئيس.
قبل صراع قوش مع الدكتور نافع كان هناك اجتماعا بين الرئيس و نائبه و الدكتور نافع و في ذلك الاجتماع أكد الرئيس أن دكتور نافع يعتقد أن هناك مؤامرة تحاك في الخفاء من أجل إحداث انشقاق في الحزب و لكن هذه المؤامرة مرصودة و هم بصدد معرفة العناصر المشاركة فيها لذلك لا يترددون في محاكمة العناصر و إبعادها مهما كان موقعها في السلطة و بعد انتهاء الاجتماع تم استدعاء الفريق محمد عطا و تم تبليغه بالخطوات التي سوف تتخذ و يجب عليه أن يأخذ جانب الحذر و الحيطة و مراقبة الفريق قوش لذلك تم استبعاد بعض العناصر التي كانت حامية للفريق بعناصر أخرى بعدما أعطيت عناصر قوش إجازات سنوية هنا ستدعي الدكتور نافع الدكتور كمال عبيد الرجل المقرب له و بلغه بأنهم يريدون تفجير الصراع مع علي عثمان و صلاح قوش و في ذات اللحظة أكدوا أن الدكتور نافع يطلع في مؤتمر إذاعي و يتحدث عن العمل المنفلت الذي يقوم به الفريق قوش و معروف أن الأخير رجل ينفعل بسرعة و لن يصمت أو ينحني للريح و بالتالي تؤخذ الإجراءات المطلوبة ضده بعد ما يكون قد أدان نفسه بسلوكه
و بالفعل كانت ردة فعل الفريق قوية ثم تم اجتماع داخل التنظيم السياسي مغلقا صفع فيه الفريق قوش الدكتور نافع كف حتى أوقعه في الأرض و تفجر الصراع و صمت السيد النائب كأنه لم يكن جزءا من هذا الصراع و لكن الرئيس بدأ يغير معاملته لنائبه بهدف أثارته أو دفعه لترك السلطة و لكن معروف عن السيد النائب يعرف كيف يدير معاركه من وراء المسرح و قد ظهرت الجفوة بين الرئيس و نائبه عندما عاد الرئيس من زيارته الأخيرة من أديس أبابا و استقبله نائبه في المطار فاتحا زراعيه لاحتضان الرئيس بجفوة شديدة كانت ملاحظة لكل المشاهدين أن الرئيس أبتعد عن أحضان الرجل و مد أليه يده و سحبها بسرعة متجاوزه أرجوا من ناس التلفزيون إعادة القطة للتأكد كل ذلك يؤكد أن هناك صراعا خفيا بين الرئيس و نائبه.
قال أحد المقربين من الرئيس البشير أن البشير يتخوف من أن تصل المؤامرة إلي مد المحكمة الجنائية بكل الوثائق التي تحتاجها لإدانة الرئيس و عددا من قيادات الإنقاذ و من ضمنهم الدكتور نافع علي نافع و أن هناك صراعا خفيا يجري و أن قرار دخول القوات المسلحة لمنطقة أبيي قرار اتخذه البشير في اجتماع ضم خمسة أشخاص الرئيس البشير و دكتور نافع و محمد عطا و عبد الرحيم محمد حسين و بكري حسن صالح بهدف إبعاد القوات المسلحة و إشغالها في تلك المنطقة و في ذات الوقت تكون السيطرة في المركز القوات الأمن و المخابرات التي بدأت في تصفية العناصر التي يعتقد إنها تابعة للفريق قوش و لكن الخوف الشديد من القوات المسلحة حيث تكثر فيها عناصر الحركة الإسلامية و ما تزال تحلم بوحدة الحركة الإسلامية.